Загалом, спадщина Якова Гніздовського складає сотні картин, а так само більш ніж 300 гравюр (ксилографії, офорти та ліногравюри). У свій час дві його картини — «Зимовий пейзаж» і «Соняшник» прикрашали кабінет президента США Джона Кеннеді в Білому домі. Твори Я.Гніздовського зберігаються у приватних збірках та музеях, зокрема в Конгресовій бібліотеці, Бостонському музеї, Філадельфійському музеї, Університеті Делавер, Університеті Вашингтона, Батлер Інституті, фундації Вудварда, збірці Нельсона Рокфеллера (у США), а також у музеях Японії.

В 1990 удова художника Стефанія Гніздовська передала в дарунок музеям у Києві, Львові й Тернополі ряд його робіт, пізніше роботи художника були подаровані музеям в Івано-Франківську й Чернівцях. Кілька оригіналів його графічних робіт зберігаються в Борщівському краєзнавчому музеї.