Костел був збудований комплексі з жіночим монастирем сестер-францисканок Пресвятих Дарів, а засновницею і першою настоятелькою його була сестра Марія від Хреста (Людвіка Моравська). Після одержання згоди місцевої церковної влади на будівництво церкви, Людвіка Моравська отримала благословення самого Папи Пія IX.

Храм і монастир освятили 29 вересня 1889 р. Очолив урочистості Апостольський Нунцій з Відня архиєпископ Алоїз Галімберті. Йому співслужили львівські архиєпископи, які представляли три обряди: латинський — Северин (Моравський), візантійський — Сільвестр (Сембратович), і вірменський — Ісаак (Ісакович).

Після закінчення Другої світової війни костел і приміщення монастиря були передані Міністерству охорони здоров’я — тут розмістили 7-ме відділення 1-ї інфекційної клінічної лікарні. Впродовж кількадесятилітнього використання приміщення не за призначенням, храм зазнав суттєвих руйнувань.

Лише у 1991 році костел і ліве крило монастиря були передані Українській Православній Церкві. Наступного року відбулося освячення Храму як церкви Святителя Іоана Золотоустого, а в приміщенні монастиря було розміщено навчальний корпус Львівської духовної семінарії. Храм було оснащено всім необхідним для богослужінь. Праву частину монастиря, яку ще займав міський шкірвендиспансер, у 1998 році також передали ЛДС – нині Львівська православна богословська академія Української Православної Церкви Київського Патріархату.

Наразі настотель храму о. Назарій Лозинський та активні парафіяни намагаються відновити храм. Вони реставрують вівтарі та вітражі, реконструюють і відновлюють занедбані частини церкви.

За матеріалами «Духовної величі Львова»

Фото Марії Очеретяної та lpba.org.ua/hram